ただのウサ飼いですが。

おそらく先生は、EZ症（エンセファリトゾーン症）を視野に入れて、駆虫剤を処方。
これは投薬期間１クール４週間です。
完全に虫が根絶されるためには、４週間投与が原則になります。
途中でやめると、下手に生き残ってしまうことも。
で、もしパスツレラだった場合も考えて、抗生物質も処方。
用量を守っていれば、抗生物質を怖がる必要はありません。
ただ、確かに抗生物質が腸内細菌藪にダメージを与えることもあるので、下痢には注意です。食欲があるようなら、食欲増進剤は必要ないとは思いますので、そのあたりは獣医さんにご確認ください。

今回は数日で回復しているとのこと。本当によかったですね。
ですからなおさら、万が一エンセファリトゾーン症であった場合を考えて、一度しっかり駆虫してしまうとよいと思います。
エキゾチック専門ではないというお話ですが、きちんとEz症とパスツレラを視野に入れていらっしゃるとことなど、それなりに詳しい方だと思いますよ。

EZ症に関しては、下記をご参考ください。
ただ加筆の必要がありまして、最近は劇症（感染して死んでしまう）はあまり聞かなくなりました。ウサギさん自体が、虫さんとそれなりの妥協点を見つけて、うまく付き合ってきつつあるのかな？　という話もしております。
つまり日和見菌的（どこにでもある菌。普段は悪さはしないけど、何かあると暴れだす）な存在になっているのかもしれません。まだまだ解明されていない、ちょっと面倒な病気ですが、変に心配したり、おろおろするようなことではなくなりつつあると思っています。
今回も、直接の引き金は暑さかと思います。贅沢なようですが、この暑さではクーラーが必要かもしれません。
今回もしEZ症で駆虫出来たとしても、神経損傷は残りますので、この先何らかのストレスがかかると再発することもありえます。暑さや天候不順などには気をつけてあげてくださいね。