ただの飼い主ですが。

スミイロインコは、飼っている方も少なく情報も少ないかもしれませんね。
我が家がマメルリハを飼いだした時も、鳥を診れる先生でもマメルリハに関してはあまり経験がありませんでした。一般に鳥が診られる先生と言っても、全部の種類が分かる訳ではありません。鳥が診れるという言い方は、哺乳類全般が診れるというのに似ています。
ですから、その鳥特有の傾向（例えば、メガバクテリアに顕著に反応する種類や、さほど反応しない種類とか）と言うのもありますから、今までの先生方も平均的な診療をなさったのではないかと思います。
あるいは、ローリーの経験があっても、それぞれ原産地も違いますから、スミイロが良く分かっているかどうか？というのは、難しいお話の気がします。

今回の先生の診断で、内臓がはれているというのは、どこがはれているのでしょう？
主だったものを考えて検査しても陰性であったなら、細菌感染による炎症ではなく、生活環境のチェックが必要かもしれません。例えば、フードの見直しとか。
まずは炎症を抑える事が第一ですが、飼育環境の検討が必要かどうかも、良く相談なさってはいかがでしょう。
（ちなみに、鳥を良く診る先生は、病気の時は飼育しているケージごと連れて来て下さいとおっしゃる事が多いです。多少なりとも飼育環境が分かりますから。）

プロキオンさんがおっしゃるように、悪玉菌を根絶することは無理な話で、善玉菌が優勢であれば良いのですね。りんさんも、その事はご理解されていて、だからもっと援軍をと思われたのだと思います。
ただ、治療中の子に良かれと思って何かを与えて結果が良かったとしても、それでは獣医さんの投薬が功を奏したのか、りんさんが与えたものが功を奏したのかが分かりません。
ですから「こんなサプリを与えても良いですか？」と、必ず確かめる事が必要です。
そして援軍が多ければよいかと言うと、全体のバランスが崩れることもありますので、要注意かとも思います。弱っている体に、栄養を付けさせようとステーキだウナギだと与えて、かえって内臓に負荷をかけて具合が悪くなるという感じでしょうか。
まぁ、乳酸菌がそれほどの負荷をかけるとは思えませんが、「糞がゆるくなることもあるので、良く注意して少量から始めてください」という注意書きがあるのも乳酸菌ですね。
虚弱な体に下痢は、絶対に避けたいところです。
ですから、まずは処方通りを続け、その結果いかんで先生に与えて良いか相談なさってはいかがかと思います。
「別に与えてもいいけど、効かないと思うよ」と言う位なら、何が良くなるきっかけになるか分かりませんから、私なら与えてみるとは思いますが（＾＾；；

あと、りんさんは「痩せている」と気になさっておいでですが、愛鳥さんは何ｇありますか？　スミイロインコの大まかな目安を調べると「体長32ｃｍ前後」で、体重は「200〜280ｇ」とかなり幅広いようです。私なら、前後20ｇ位なら個体差としてＯＫにしてしまいそうですよ。中には「145〜155ｇ」となっているものもあって、これはヒナの時かしら？と思ってしまいましたが。
鳥さんの中にも個体差はあって、太りやすい子、やせぎすな子もいます。
大事なのは、胸の筋肉の付き具合を見ることで、その辺りはいかがですか？
獣医さんから見ても、がりがりなのでしょうか？

その他の注意点としては、羽に異常はありませんか？（ボサボサしているとか、生育不良な羽があるとか、羽の一部が歪んでいるとか）
くちばしの根元や、鼻腔のあたりに異常はありませんか？
その辺りは、鳥を診る先生ならすぐに気がついてチェックしているとは思いますが。

あと大事なのは、キラキラ具合だと思っています。
どうしても獣医学的に健全じゃない鳥さんで、あれこれやっても獣医学的に良好にはならない。そう言う子もいます。
我が家のマメルリハ＠♀がそうです。まさにりんさんがおっしゃる「換羽や体が弱るとすぐにカビが出てお薬をもらうことになります。」です。
マメルリハはメガバクテリアには顕著に反応（死亡する原因となる）しますので、さすがにその時は治療に専念しました。　でもそれ以外、検査すると先生的には気になる事が見つかってお薬を処方してくださいますが、残念ながらそれで解決できたことはありません（＾＾；；　
結局1年半も通院投薬し続けても解決しないので、体調不良になるほどの悪さをしないならば「カビがいても、まっ　いいかぁ」と開き直りました。
そう言う子は、換羽時期に衛生と栄養に気を付けて、一年中空調で同じ温度にして極力季節による温度変化をなくし、その上で本人がご機嫌が良ければヨシとしています。
そのあたり、愛鳥さんのご機嫌はいかがですか？

またフードに関しては、お求めになったペットショップ辺りで、ご相談された方がスミイロを分かっていて良いかもしれませんね。
メーカーを変えてみる、幾種類かブレンドしてみる、パウダーやマッシュやペレットだけでなく、粒餌も与えてみる。与えるフードが、その子にとってはカビがでやすいという場合もあるのではないかと思っています。またろーりーですから、果物を与えている事もあるかもしれませんが、カビがいる時は生の果物はどうなのでしょう？　そんなところをあれこれ検討して、与えるものを増やすのではなく、今現在の飼育内容で調整する事も考えてみてくださいね。