妹さんがかかられた動物病院の先生が、どのように小鳥の診療を学んだかに左右されるところが大きいように思います。

臨床獣医師が国家試験に合格して、どこのどのように病院で診療を学んでいくか、あるいは研修先ではそのような診療は無く、本を片手に自ら学んできたとか。
小鳥を始めとするエキゾチックペットについては、系統立てて教えてくれるところは稀であって、とにかくエキゾチックペットの診療をしている病院で見よう見真似で学ぶということが多いように考えています。

患者本人から得られる検査データーが少ないという特徴がありますから、便のように患者を消耗させない検査材料なら、鏡検しておいて損する事はないようには思いますが。
それでも中には、新鮮な糞便でないと診断的な価値が低いと考えたり、素嚢内溶液の方が重要と考えたり、単一の病原体とは限らないから、複数の病原体に効果があるように最初から複数の薬剤を調合して処方として用意しておくという考え方もあります。

獣医師関係の雑誌を読みますと、一時はかなりそのようなそれぞれの病院での診療方法というのが掲載されていた時期がありました。
昨今は、逆にエキゾチックペットの診療のノウハウというのが、掲載されないようになってきており、これらの診療をしようという獣医師が減少してきているのかもしれません。
妹さんがかかられた病院の先生が若い先生であるのなら、教えてくれる先輩や学ぶべき機会というものが失われてきているのかもしれませんね。
伝えられるものが途絶えてしまえば、当たり前のものも、当たり前でなくなる日はやってくるのかもしれませんね。