牛達を収容することは、可能なように思います。所管は県の畜産課と家畜保健衛生所になりますが。
どこの県においても、県営牧場というものが設置されています。これは牛の預託を受けて、農家の負担軽減を図り、繁殖用の育成牛の四肢を鍛える目的があります。その目的から大抵の県において、そこそこの面積を有していますから、その中の牧区のいくつかを、問題となっている牛達のために使用してもよいのではないかと思っています。

つまり、牛達をそのまま徘徊させたままにしておかず、１箇所に集めてしまって、そこで健康管理を行えばよいのではないかということです。水場も餌も牧場にはありますし、入牧時に牛体消毒用のSSもあるはずですから、牛の体表の洗浄も可能なはずです。放射能を持ち込んでしまっても、県有地ですし、周辺に人家はないはずです。被害を他者に及ぼす影響が最も少なくて済むのではないかと考えます。
画像でお目にかかるのは、黒毛和種ですから、基礎登録が済ませてあれば、畜産農家も鼻紋の控えをもっているはずです。我が家の牛であるという証明は可能でしょうし、農家が紛失していても登録協会にもあるはずです。また、イヤータグをつけている牛もいるのではないでしょうか？
これらの識別の要素がなくても、飼育していた畜産農家なら、見分ける事もできるのではないかと思うのですが。

これが実施できないとしたら、理由は３つほど考えられるのではないかと想像しています。
１つは、自治体の行政機能が失われたままで、回復に至っていない可能性。
２つ目は、法律的な制約とマンパワーの不足です。分かっていても、人手が無いということになりますし、行政の立場としては、国の指示との調整が必要ということになるのでしょう。
３つ目は、映像でみる牛達がどうも繁殖素牛ではなく、肥育素牛である点です。