shanacさん。始めまして。
早速ですが、皮膚筋炎のシェルティーを飼っているとの事。
日本で皮膚筋炎のシェルティーの学会報告があったのが今から約４年前。
我が家の犬が最初です。
うちの犬（シェルティー）は現在薬に依る治療は行っていません。
そもそも、皮膚筋炎という病気自体は『家族せい』のもの（遺伝病）であり、人間で言えば『膠原病』のような自己免疫疾患であると考えられています。
しかも、常染色体優性遺伝（性別に関係なく、子どもの半分に症状が出る）らしいので、shanacさんの飼われている仔の同胎及び系統の仔は発症している確立が高いので調べてみてはどうでしょう？
この病気は自己治癒型や悪化するタイプがあるので、絶対に治るとか治らないとかとは言えないのです。
実際、我が家の犬たちは発症から４年経つ仔も、今年８歳になる仔も元気で居ます。
shanacさんの犬がどの程度の症状なのか分かりませんが、筋肉の萎縮が見られず食事も自分で出来るのなら皮膚症状は諦めた方が良いのかも知れません。
もし宜しければ、画像等を送ってもらえれば有り難いのですが……
学会レポート等、持ってますのでもし興味があれば送らせて頂きます。
また、今後の繁殖の為にもshanacさんの犬の系統を教えて頂きたいのですが？
http://www2.mwnet.or.jp/~syndrome/