どうも苦手な方向へ向いてしまっていて、知識の底が浅いことが見え見えになりそうですが、、、
近親交配では注意深くこれを行うことで　たしかにすぐには、表現形としての奇形や遺伝性の疾患はそう簡単に発現しないかも知れません。
ただし、今現在見ている犬にしろ猫にしろ個体の表現形は主に優勢な形質が表現されています。劣性遺伝子はある物は２つそろわないと発現しないと考えられますし、またある表現形はポリジーンといっていくつかの遺伝子の表現形の総計として発現してきます。
むしろ表現形としてはポリジーンなものが多かったと記憶しています。（実は学生時代の教科書を捨ててしまっていて、恥ずかしいのですがはっきりとお答えできません）

また隔世遺伝についてもメンデルがしたように単純化した実験系で確認されていますから、哺乳動物にも存在すると考えた方が妥当だと思います。
ただこれも先に言ったように哺乳動物などでは多数の遺伝子があつまって表現系を決定している場合があり簡単には言えないかも知れません。
返事になっているでしょうか？
近親交配では、問題が蓄積して後で発現してくるかも知れませんし、来ないかも知れません。
どなたか遺伝や育種に詳しい方の応援をお願いします。