みなみさん＞私が知っている病院ではペットシーツを敷いて、その上でさせて・・・
というやり方でした。特に猫用のトイレをケージに入れて、というスペースはないようでした。

家に帰られてからのトイレのしつけ方法ですが、ネコは習性的に砂地に穴を掘って
用を足す、という動物ですから想像されるより簡単にしつけられると思いますよ。
用意されたトイレにネコを連れていき、ネコの前脚をつかんで、自分で砂を
かかせます。２〜３回砂を掘らせて、ここでオシッコしてね。。。と声をかけてあげてください
食事をさせた後とかに、トイレを教える方が効果的みたいです。
一度そこでしてくれたら、後はもう何も心配いらないですから・・・

haruさん＞もし可能ならもう１匹同じような子猫を飼われるのが一番の解決法ですが…
これは無理な場合の方が多いですよね。
もう仕方がない、心を鬼にして一人にしなければいけない時間はほっとくことです。
近所からの苦情には先に謝っておきましょう。
まだ子猫ですのでなれるまで鳴きますが、すいません。。と。
向こうからうるさい、といわれる前に謝っておけば、それほど悪感情をもたれずに
すむはず…
時間はかかるかもしれませんが、生活のリズムができて、あなたの家にいる時間帯が
わかればそれほど鳴かなくなりますよ