犬猫＆魚飼いのきゅうと申します。
もし、初めに水槽に入れたグッピーが輸入グッピーなら、現在卵胎生メダカで流行しているウィルス性の伝染病ではないかと思います。この病気は輸入されてくるときには元気そうなのですが（現地で抗生物質などの薬漬けにされて送られてくるため）、しばらく経つと魚は徐々に弱っていき、やがて死亡します。もちろん、魚の死亡後も水の中でウィルスは生きているそうです。特にグッピーに多いので「グッピーエイズ」と呼ばれているほどです。これといった治療法も今のところ無いようです。感染しているのはほとんどが輸入グッピーで、国産グッピーには比較的少ないようです。
もう一つ、この病気の他に考えられる死亡原因は、「水質が合わない」ということが考えられます。カラシン科の魚と飼われているようですが、グッピーは（弱酸性でも、状態のいい水なら長生きしますが）本来は中性から弱アルカリ性の新しめの水を好みます。
また、グッピーは初心者向けの魚としてよく紹介されていますが、（私個人としては）状態良く飼育するのは、結構難しいように思います。
治療法のアドバイスでなくて申し訳ありませんが、考えられる原因はこんなところだと思います。

http://www.janis.or.jp/users/borzoi/