はらださんこんにちは 獣医師の播谷です。
　ウサギのエンセファリトゾーン症は Encephalitozoon cuniculiという原虫
（寄生虫）の感染によって起こる病気です。アメリカ特有の病気ではなく 日本にもあります。わたしは以前 病理症例の検討会に 組織標本が提出されたことがあると聞いています。
　この原虫が 脳に侵入すると不全麻痺 痙攣等の神経症状が起こる場合があり これをウサギのエンセファリトゾーン症と呼びます。
　アメリカでは血液検査によって この原虫に感染しているかどうかを調べることができるようですが （ただし 感染していても神経症状をだすことは少ないようです。）日本では 神経症状の原因がこの原虫である と確定診断するためには病理解剖をおこなって脳を顕微鏡でしらべるしかないようです。
　感染経路は おもに排泄物からの経口感染で 胎盤感染の可能性について書かれた本もあります。
　残念ながらいまのところ効果的な治療法はありません。
　しかしながら はらださんの書き込みを読ませていただいて この原虫の可能性は低いように感じました。エンセファリトゾーン症は 感染してから発症するまでに少なくても１ヶ月以上かかる病気のようですし 胎盤感染していたとしても 姉妹におなじような症状がでてきたというところがひっかかるのです。感染しても神経症状をだす確率はひくいので 同腹の姉妹だとすると ２匹とも神経症状をだしてくるというのは ムクムク先生がおっしゃったとうり 遺伝的疾患ではないかと思うからです。
　特に 姉妹のウサギが臼歯の不正咬合の処置中になくなったそうですが 切歯であればわかるのですが 私の経験では 臼歯の不正咬合が生後３ヶ月で 症状としてでたことはありません。なにか生まれつきの変型があったのかしらと考えてしまいます。（同腹でなかったらいいのですが）
　神経症状をだす病気は他にもあるのですが 上記の病気のように 生前診断がむずかしいものが多いです。
　症状の進行にあわせて その子ができるだけ安楽な生活ができるように主治医の先生にご相談していったらいかがでしょうか。