こんにちは。セキセイ飼いのケンケンと申します。獣医ではありませんが、参考になれば幸いです。

ＲＹＯさん
　升箱で育てているとのことですが、私はプラケースをお勧めします（プラケースや水槽の方が温度が保ちやすく、ヒナの脚がしっかり立ってきたかが観察しやすいからです）。
　さて、書き込みの黒いつぶつぶですが、詳しい状況がわかりませんのでハッキリ「これだ！」というお答えができません。考えられることを書込みますので、今一度、虫眼鏡などで黒いつぶつぶを観察してみて下さい
１）ワラなどを底にしいている場合、草の種子であるとも考えられます。底に新聞紙を敷いて観察してみて下さい。
２）この寒い時期にはほとんど発生しないはずなのですが「ワクモ」も考えられます（多くは梅雨から夏に発生）。「ワクモ」は小さな虫で、鳥の血液を吸います。普段は灰色の身体をしていますが、血を吸った直後は赤くなり、時間が経つと黒く変色するそうです。また、「ワクモ」は夜行性なので、夜中にそっとカゴを覗くと壁面などを歩いてる姿が観察できます。「ワクモ」が大量に発生し、寄生すると体力が落ちるだけに留まらず、落鳥（鳥が死ぬことの意）することも多々あります。特にヒナに寄生した場合は落鳥する確率が高くなります。もし、観察の結果、黒いつぶつぶがなんらかの虫（生物）であった場合は鳥の診療ができる病院で検査および駆虫してもらってください（鳥を洗うのは大変難しいので素人はやらないでください）。
　また、普段からマメにケースを掃除して、寄生虫の巣窟をつくらないよう心掛けて下さい。掃除のしやすさから考えても、プラケースはお薦めです。

ぴよにゃんさん
　わが家では成鳥もプラケースで飼育しています。先の文章のとおり、脚の具合が一目でわかるからです（鳥の栄養状態が悪くなると脚に現われますので）。
　書き込みを拝見する限りでは確かに栄養性脚弱症が考えられます。飼料をもう一度見直して、カルシウムとビタミンを強化したものを与えて下さい。
　私も脚弱症のインコの飼育経験者です。そのコはいまはとても元気になりました。当時の飼育日記を私のＨＰ内「みんみん日記」で紹介していますので、よろしかったら読んでみて下さい。
　その他、セキセイインコに関する飼育情報を載せています。
http://www2.justnet.ne.jp/~maki/WELCOME.HTM