獣医師ではありません。一飼い主です。

AYAチンさん、はじめまして。
「飲み込んだ物がお腹の中で傷ついて炎症を起こしているかも」
「器官が傷ついているのかも」
と可能性を示唆された状況のまま、症状の改善が見られないことから
「他に原因があるのでしょうか」と不安に感じておられるのですよね。
まずは担当の先生にご自身が不安である旨、率直にお伝えしてはいかがでしょうか。
獣医師の先生には飼い主の疑問に対してきちんとした説明をする義務があると思いますし、
そうしたやりとりを通じて信頼関係が強化されると思うんです。
かかりつけの先生のお話を伺った上で納得しにくいようであれば、
セカンドオピニオンとして他院の診療を受けることも失礼にはあたりませんし、
積極的に必要な場合もあると思います。
今与えていらっしゃる食餌の内容が不明ですが、ドライフードでしたら
お湯か鳥ガラスープなどでふやかしてあげると食べやすくなるでしょうね。
体重減少だけが問題なら、一時的に子猫用フードに戻すのもいいでしょう。
食餌量自体が減ってきているのでしたら、栄養補助食品を加えて栄養・カロリーを補います。
缶詰め・チューブ入りのペーストがメインになると思います。
様々な商品が市販されていますから、猫さんの嗜好に合うものを選んであげてくださいね。
ただし、先生から食餌内容について指示が出るようでしたらこの点についてもご相談なさってください。