gaudiさんはじめまして。
似たような症例を聞いたことがあるので、ご参考までに
そのオカメインコ（聞いたお話の）は呼吸器症状と下痢を主訴とし、
軽い神経症状もありました。
そして真菌感染の疑いから抗生物質を投与を続けました。
しばらくして、呼吸器の症状が無くなりましたが、下痢は治まらず
どんどん痩せていき体重が半分になってしまいました。
その結果、かかりつけの獣医師から助からないかもしれない
と言われました。
そこで、どうせ助からないならと思いリスクを覚悟の上
私のアドバイスで抗生物質の投与を止めました。
その理由はそのオカメインコ糞便を微生物検査してみた所、
腸内細菌でさえも陰性でした。鳥は食べ物を消化するのに
消化管内に細菌を飼っており、それが発育できないため栄養が摂れないと
判断したためです。
結果、その後オカメインコは太っていき今では元気に生きています。

補足ですが（こちらの方が重要ですが）、わたしの書き込みはあくまで一例で、
今回のような抗生物質を必要とされる症例では獣医師の指示があるまで抗生物質の
投与をやめてはいけないと思います。抗生物質は必要な種類、必要な量を期間を決めて
投与しなければならないので、病院を変えて違う種類の抗生物質を次々投与したり、
指示に従わずに投与しなかったりすると耐性菌が出現する危険性があります。