獣医師ではありませんがご参考まで。

獣医師がどのような診断によってどんな「下痢止め」処方したのかといったあたりがわからないと難しいのですが・・・。
アメーバ性または細菌性の腸炎、内部寄生虫（本来もっているべきではない、他種をむホストとするものも含めて）など、広範な可能性を考えたうえで適切な治療を施すべきであろうと思われます。

飼い主が行うべきケアの範囲では、
１　腹を冷やさない（温度管理ＯＫとのことですが、床面の温度は十分ですか？）
２　脱水予防（ただし、冷えにつながることのないように）
３　エサをファジー・ホッパー主に（コオロギは摂食・消化に要する努力量の割に栄養価低し。精肉は栄養価も低い上、未消化分がないため、そもそも下痢しやすくなる。栄養価高く、かつ、毛のあるものが良さそう）
４　他の飼育動物、また人間への感染予防を心がける（世話の順番、器具の消毒、手洗いの励行など）
があげられると思います。
オオトカゲ属はかなりタフですので、「ハラワタが半ば腐っている」ような状態からでも回復する可能性はあると思われます。きちんとした治療が前提ではありますが。快方に向かうことをお祈りしています。