私は獣医さんではなく、ただの動物好きですが…。

犬の飼い方は、基本的なことさえ押さえていれば、飼い主が
自分が飼いやすいように微調整してもいいものだと思います。
その「基本的なこと」は、ご自分で飼育書を大量に読むなど
して、勉強しないとみにつきません。
獣医さんや店長さんに、反論するためには、まず、ご自分で
ある程度の知識を得て、それから戦って下さい。
（ネットで得る知識だけでは、絶対的に足りません）。
でないと、いいくるめられるだけですよ。

ケージは、室内で飼うペットの場合、いれるしつけをしておいた
方がいいと思います。
飼い主が家を一日とか半日空ける、などというときに、犬猫を部屋に
放し飼いしておくのは、危険が伴います。
イヌの場合、コードをかんでしまったり、異物を飲み込んだり、
ビニール袋にからまって首が締まったり、と危険がいっぱいです。

また、犬猫が病気になったとき、ペットヒーターで効率的に
暖めるためにも、ケージにならしておいた方がいいと思います。

ぴこりんさんがおっしゃるように、犬は（猫も）鳴いて飼い主に
いうことをきかせようとしますが、でも、しつけをすることが
犬本人のためなのですから、厳しい気持ちになって下さいね。

あと、犬の場合、首輪はつけるようにしつけをしておかないと、
迷子になったときに面倒なことになると思いますが…。

＃獣医さんは、相性が悪いようなら、転院をお薦めします。