獣医師ではありませんがご参考まで。

　どんな病気があるか、は、「人畜共通感染症」になどで検索されるといろいろ出て来ます。

　ですが、室内飼いを忌避すべきほどの「確率」で生じるかはまた別でして。
　個人的には、免疫が極端に落ちていない限り、また、普通に清潔にしている限り、特に神経質になる必要はないと考えます。
　ビルの屋上からの落下物で怪我したり死んだりするリスクはあるものですが、いつも上を気にして歩いているのでは、落下物より大きなリスク要因の交通事故に会いやすくなり、全体のリスクはかえって増してしまうでしょう。
　病原体にしたところで、イヌからヒトへと種の壁を越えて移住するのは楽ではなく、ヒトからヒトへのほうがずっと楽なので、むしろ、人混みのほうがリスクとしては高いと考えます。
　ご母堂についても、免疫を抑制する治療をするなどでない限り、イヌを外へ追い出す必要があるとは思えません。寂しさややましさからのデメリットもかんがえられますし。
　なお、人間の医師が、人畜共通感染症に詳しい時は限りません。稀に、無意味に、動物を遠ざけるよう勧める医師もあります。仮に動物を遠ざけるよう言われても、きちんとした理由の説明が伴わないのならば鵜呑みにされず、冷静に検討なさることをお勧めします。
　もしも、残念ながら癌が確かだとして、イヌと寝るのが幾分かのリスクを伴うとしても、そのリスクと、イヌと一緒に寝る楽しみとのどちらをどういう割合で重要視するのかは、決して医師が決めることではなく、ご本人のお考えによりましょうし。