こんにちは。
病院にせよぺットショップ等にせよその場所の考え方、方針により違う
のではないでしょうか？　
私の働いていた病院ではお預かりの場合は基本的にわんちゃんも猫ちゃんもワクチンを
接種をしている子、未接種の子は事前に接種してからのお預かりと決まっていました。
入院の子もケージは一人一人ですが同じ部屋にはいました。
でも入院の子達もワクチンは接種している子のみでしたし、
伝染病等のうたがいがあり預かる場合があったとしてもそうゆう子は
部屋じたいが別でお世話をする看護士、先生も伝染病等うたがいのある子
を治療する担当とワクチン接種済みの子達の担当と分かれていました。

私は退役看護士なので、私もみうさん同様病院よりの意見になってしまって
いますが・・・
病院でもペットショップでもその場所の方針をよく確認したり、お泊り
をする部屋をみせて頂いたり、わんちゃんでしたら散歩の方法を聞く、
またワクチン未接種の子も一緒にいるのか？　病院でしたら伝染病の
うたがいのある子もあずかっているのか？
など詳しく確認して自分とお泊まりする子にあった場所をさがすのが
１番だと思います。
病院はよくない、ペットショップがよくないとは一概にはいえないと
思いますよ。