はじめまして　犬飼いですが、ご参考まで

ご心配されているように、健康上からも良くない習慣です。
便と一緒に小石類が出てくれればよいのですが、そうでない場合は腸閉塞などを起こすこともありますので危険です。

小石や砂あるいは土を食べるのは異食症といわれます。
食べる原因は、いろいろあるようですが、
一般的に、腸内寄生虫、ミネラル不足、食事の量の不足、歯ごたえのあるものを食べさせていない事、精神的なストレス、スキンシップ不足、と言われているようです。
異物を食べるという癖がついているので、むやみに叱ったりするのではなく、状況に応じた対象が必要になります。
腸内寄生虫が原因である場合は、糞便検査で判ります。
食事の量が不足しているのであれば、毛艶や体躯を触診で、また血液検査をすることで健康状態が判ります。
スキンシップ不足で、退屈している等であれば、ボール遊びなどを取り入れて一緒に遊んで上げる時間をとるなど。
飼い主が十分と思っていても、不足していることも多いようです。
人が大好きな犬種ですから、生活環境にストレスの原因（退屈）が隠れているのかもしれません。（文面だけでは判りしれませんが。。。）

その為には、食生活を含めて動物病院で健康診断をされると良いと思います。