私は妊娠前にチンチラ（高級毛皮で知られるネズミの仲間の方のチンチラです）を
飼い始めて今に至ります。
チンチラは毛が細く衣服や室内に毛が飛んでしまいます。砂浴びもさせるので
灰のような細かい砂が舞っていたりします；で部屋には空気清浄機なども揃えました。

妊娠中〜産後ずっと一緒に暮していますし、妊娠中やまだ娘が新生児の頃も
出来る限り私がケージの掃除やってました。もちろん今は100%私です。
糞尿の始末などもよく手洗いやうがいを必ずし、気になるなら
マスクしたり遊ぶ時専用に服を決めたりとか。

アレルギー（アトピーや喘息など）が出るのには元々の遺伝も関係しますし、
環境としてハウスダストや綿ほこりやカーペットに潜むダニの糞、カビの胞子なども
アレルギーの原因ですし
ペットがいるから出る、とは限らないと思いますよ。
ちなみに。私の姉はアトピー体質で3人子供がいますが次女は1才ごろに、長男は幼児期に
喘息が発症。ペットは飼っていませんがだんなさんがタバコを吸います。

アレルギー以前の問題で
どうしても動物の毛は飛んでしまうものですし、糞尿などの衛生面が
新生児には気になるので赤ちゃんのお世話をされる場合にはよく手洗いをして
赤ちゃんのそばに出来るだけペットが近づかない様に部屋作りされると良いですよ。

ころちゃんがいて癒されるのならぜひ、ずっと大切にしてあげて下さい(^^)
妊娠中〜産後はイライラがかなり溜まりますが（断言!!）
ペットがいてくれるとホッと出来ますよ。
風邪などに気をつけて妊娠ライフをエンジョイしてくださいね☆