しどさんへ
フィラリアの薬を飲んでちゃんと消化されてるか、との事ですが
おそらく問題はないと思います。
下痢をしていた場合に飲ませるとちゃんと吸収されてるかは疑問ですが
お話を見た限りでは健康状態に問題はないので安心かと思われます。
また、薬の消化吸収に関してですが、食べ物と同様で食べてから排泄されるまでに
かなりの時間を要します、これは人間と同じですからね。

現在、フィラリア予防薬に関しては
顆粒・錠剤・チュアブル・注射・滴下　と様々タイプがあります。
しかし、効果に関してどれも大差がありません。
しいて効果の差をあげるならば、フィラリアの予防だけにしか効果を示さないか
他の寄生虫（回虫・鞭虫・鉤虫）やノミにも同時に効果をしめすか、ではないかと思います。

この中でどれが一番イイかは、しどさんがお住まいの地域の環境によって異なると思います。

また、どのタイプが一番飲ませやすいか、というのが一番重要じゃないでしょうか？
粉薬（おそらく顆粒だと思われますが）を御飯に混ぜて綺麗に食べてくれたのなら
それが一番ベストでは、と思います。

個人的な意見ですが、注射やフロントラインの用に首筋などに滴下するタイプの
フィラリア予防薬はお勧めできません。
詳しいお話はココでは割愛いたしますが、もしお聞きになりたいのであればメールにてお話いたします。