はじめまして。昨年末に拾った猫姉妹(推定２〜３歳）のことで、アドバイス頂けたらと思います。

見つけたとき１匹は目ヤニで、上下まぶたがくっついていて、膿の様な鼻水が
固まって鼻の穴が塞がりそうで、濡らしたティッシュでふやかしながらべりべりと
剥がしてみると、瞬膜で目の半分弱が覆われていました。
もう一匹は顔はキレイでしたが、片足怪我で地につけず、少し離れていても
かかとが腫れていたのがわかりました。飢えていたらしく、食欲はふたりともアリ。
２匹寄り添って震えていたため、まとめて保護して病院へ。
鼻気管炎と診断され、症状が出ていない方も一緒に居たなら罹っているだろうと
いうことで、インターフェロン、抗生剤の注射と飲み薬、点眼薬と軟膏で現在、
だいぶ症状は治まりましたが、１日２・３度のくしゃみをし鼻水飛ばして、
何故か傷のない方の片目からときどき涙がでます。
瞬膜はまだ少し（目頭から２ミリくらい）出ています。
症状の出ていなかった方の子は、妊娠に気づかず流産しました。

先住猫２匹がいるため、今はまだ隔離していますが、将来一緒にしたいと
思っています。が、「うつりますよ」と言われています。
先住２匹は、毎年３種ワクチンは接種していますので、ひどくはならない
とは言いますが。
隔離といっても、手を洗う、鼻水飛ばされた時は着替える、
程度のことしかしてないので、もう手遅れかも・・と言う不安も。

完治しないという話も聞きます。必ずキャリアになるものなのでしょうか？
抗体検査をしても、はっきりしないというようなことは言われました。
ひどくはならないというのは、命が危ぶまれることはないけど、
拾った子たち程度の症状は覚悟しなくてはいけませんか？
うちの子の症状は重い方ですか？軽いほうですか？
先住の子と一緒にするのは、やめたほうがいいのでしょうか？

長くなってしまい申し訳ありませんが
経験がある方いらっしゃいましたら、どのようにされてるか教えてください。