獣医師です。
かかりつけの先生から話をお聞きになっていることと思いますが、フロントラインは体内に吸収されません。皮脂腺という分泌線に蓄えられ少しずつ効果が出ます。
スプレーもスポットタイプも効き方は全く同じです。この薬は体表面積によって量が変わりますので、体の小さい(体表面積の小さい）子猫や子犬には調節のしやすいスプレータイプの方が使いやすいということです。その反面、スプレータイプはスポットタイプのように全身に広がるわけではないので、体の隅々までまんべんなくいきわたらせる必要があり、スプレー回数も決められています。きめられた回数どおりにスプレーし、人間の手で広げてあげないと効果は不十分なこともありえます。
また、注射薬ですが、こちらは卵、幼虫の孵化を阻害する薬のことですね。このお薬も副作用出現の可能性は非常に低く(私自身は経験はありません）個人的には非常に使いやすい薬のように思います。

薬はつかわないにこしたことはありませんが、我々獣医師側は「使ったことによる副作用の発現や悪影響」と「使わないことによる悪影響」を天秤にかけて選択します。中途半端な薬の使い方で十分な効果がえられず不利益をこうむるのは動物です。不明な点は何度でもかかりつけの先生にお尋ねになってください。文面からはしっかりと説明をしてくれる先生のように見受けられますし。