獣医師ではありませんがご参考まで。
　捕獲はお勧めできません。なぜなら、その倉庫が気に入っていて開け放しなら、つかまったことがよほどイヤでない限り再び入るだろうこと、また、厳密に考えると違法に成りかねないこと、があるからです。
　対策としてはふたつ考えられます。
　ひとつは無視。小麦粉などを狙って倉庫にいる、または外から倉庫に入ってくるネズミなどを食べているのだろうと推測されます。イタチを排除したらネズミが増えるでしょう。フンにしてもあちこちにされるようになりますし、食品にも被害が予想されます。
　センサーの取り付け角度や感度などを、人には反応するが小動物には反応しないようにしてもらえば、無駄に悩まされることもありません。イタチがいなくなってネズミが増えても同じことをしなくてはなりませんから、だったらこれだけやって無視、というのが簡単です。
　もう一案としては、イタチの意志で出て行ってもらうこと。物理的に追い出してもイタチが望めば戻ってこれてしまうわけですから、それはせず、イタチが臨んで出て行くようにする。
　イタチにとっての倉庫の価値は、餌と隠れる場所がともに手に入る、食住隣接であることにあります。
　ネズミなどが来ないようにすれば「食」の価値を下げられますが、イタチ以上にネズミが恐れる対象はなく、また倉庫というからには中の食品を失くすわけにもいかないでしょうから、これは無理。
　「住」を考えると、イタチが居心地悪くする手が考えられます。イタチが嫌うのはより大型の肉食獣や猛禽です。扱いやすいものといえばイヌかネコ。ネコのほうが高所や狭い隅に入るので効果的でしょうが、ネコ自体が回収できなくなりかねないので、まずはイヌをお勧めします。
　社員の中にイヌを飼っている人がおられたら協力を頼んでみてはいかがでしょうか。
　夜間や休日など、使っていない時間帯に、倉庫の扉を少なくとも一部あけ、代わりに、イヌは出られないがイタチは出られる金網などを設置します。３センチ角の目でイタチは抜けますから、イヌ用のサークルや、台所用品をブラ下げるために使うような白ビニールコーティングの溶接金網などで大丈夫。
　オシッコをかけられて困るものはビニールなどでカバーしておきましょう。倒れたり落ちたりしやすい荷物は固定します。
　飼い主さんにも寝袋など使ってずっとそこにいてもらいます。イタチに諦めさせたいのですから、３ ４日毎晩泊まってもらう必要があるかもしれませんし、その後も折りにふれて（イタチの糞が再発見されたとか）イヌの臭い、気配を撒き散らすのがよいでしょう。
　イヌは、特別にイタチを襲う必要はありません。猟犬の必要もありません。極端に小さいチワワや極端に怠惰なバセットなんかだとちょっと、ではありますが、要するに倉庫内をうろついてカチカチと足音を響かせ、イヌの臭いを漂わせ、物陰に向かってフンフンと鼻息を吹き込む、だけでも、イタチにとっては恐怖になります。
　その恐怖がネズミを楽して捕れるという期待を上回れば、新天地を求めて出て行くと期待できます。
　なお、イヌだけを放しておくのは、倉庫内の物品とイヌ双方の安全管理上からお勧めしません。
　また、木酢液等の忌避物質も、必ず著効あるとは限らないこと、荷物に臭いが移ること、一度使うと臭いが薄れるまでイヌを使えないことから、最初の選択肢とはなさらないほうがよろしいかと。