獣医師ではありませんがご参考まで。

　イヌＢＢＳをご覧になれば類似のＱＡが見つかると思いますが・・・

　気にしないのが一番です。
　イヌはネコとは違い、もともと排泄場所にそんなに気を使わないのです。ヒトが勝手に決めたところで排泄してくれるのがありがたい、というぐらいものと考えましょう。
　イヌをしつけるという考えをおやめになるのが一番です。健康で、いいウンチをしてくれた、というだけで充分に感謝すべきことです。
　飼い主が神経質になっている限り、イヌの混乱は続きます。ピリピリしながらイヌに鑑賞してもうまくいかないのです。高望みはやめて、ウンチしてくれることを喜びましょう。
　テクニカルな工夫より、飼い主が広い心を持ち、イヌが健康でいてくれることに対して感謝する、ということのほうがずっと効果的なのです。

　イヌと暮らすというのは、排泄物や吐瀉物の始末のためにしょっちゅう雑巾なりペーパータオルなり持って歩く、ということなのです。それを出来るのも、そのイヌが生きている間だけなのです。
　台所でされようとも枕の上でされようとも、感謝の念をもって始末しましょう。イヌに生きていて欲しいでしょ？　生きている証として出すんですよ。出すというのは生きているということで、ありがたいではありませんか。
　不思議なことに、飼い主がそうした心持になると、いずれ、飼い主が勝手に決め付けた場所でしてくれることが増えてきます。