猫の性格は100匹居れば100の性格があるでしょう。
それはそれまで育った環境も大きく作用していると思います。
ですから、それまでの生活や環境が判らないとどうしてそうなったか分かりにくいと思います。それらを含めてその子達の対処を考えないと判らないと思いますよ。
母猫が初めての子供か、数回目の子供か分かりませんが、すごく母性愛が強いという事ではないですか。
雄が怒られて失禁する事はそれだけ母親の攻撃に吃驚したからで、ここで既に雄猫は雌に負けていますね。優しい子、今まで温かく育てられてきた子なのかなと思いました。
傷を負うというより、雌に頭が上がらない事を示してしまったと言う事でしょうね。
ただ雌を避妊し、子供が居なくなると元のただの雌になってしまい弱くなる事もあります。
子供が居る間はどの猫が来ても追い出していた子が、子供が居なくなり避妊したら周りのどの子にも負けてしまう元の子になった子も居ます。
猫にとってどちらが良いか判りませんが、人間にとってはその方が一緒に暮らしやすいかもしれませんね。人間の目から判断しないで、母猫の目から判断すればその子の動作は当然の行動のように思えます。
兄弟で仲良くしていても、例えば去勢や避妊で違う匂いをつけてきたり、しばらく他に預けたりすると最初威嚇しあう事もありますよね。まして子猫を守るという母性愛の塊（今時の人間に見せてあげたい気もしますが）、その気持ちを大事にしてあげて良いと思いますよ。
今まで分けていられたのですから、もう少し子猫が居なくなるまで、そして避妊が終わるまで分けておいたら如何ですか？
時間が解決してくれる問題かもしれませんね。
人間の思うようにはいかないのが動物の世界ですものね。
どう打開したいのか、そのためには少しでも多くの原因や方法を考え、そのためには多くの情報を示さないと簡単にどうしたら良いということが言えるものでは無いように思いますよ。