＞人間の薬局で売っている、犬用の回虫の薬を飲ませています。
　このままずっと、薬局で売っている、犬用の回虫の薬を与えてても大丈夫でしょうか？

ちょっと意味が分かりかねております。
文章の流れからは、フィラリアに対して回虫の薬を服用させているということに解釈し
てよいのでしょうか？
それとも、フィラリアは横に置いておいて、お腹にいる消化管内の回虫に対して駆虫を
実施しているということなのでしょうか？

フィラリアの予防薬と言っている薬は、本来フィラリア幼虫の駆虫薬であり、同時に消
化管内に寄生している回虫にも効果があります。
では、市販の回虫駆虫薬がフィラリアに効果があるかというと、これは期待してはなり
ません。作用機序も強さも異なります。
また、仮に効果があるとしても、フィラリア感染犬にそのままフィラリアに作用する薬
剤を投与してはならないことは周知されていることと思います。

薬局で購入とありますが、薬には各々成分の強さがあって、薬店の種類によって取り扱
うことのできる範囲があります。薬局は、かなり多くの種類の薬を扱える種類の薬店で
はありますが、フィラリアの薬ということになると獣医師の「指示書」が必要です。
これが無くても購入できたのであれば、いわゆる「市販薬」ということになるはずです。

そもそも、今回の処置というか、投薬はどのたかの指示なのでしょうか？　フィラリア
に関してであれば、今寄生しているフィラリア成虫にも、これから感染してくるかもし
れないフィラリア幼虫に対しても、中途半端すぎるように思います。
回虫に対してであれば、フィラリアに作用しない成分であるか否かを確認されておくこ
とをお勧めします。