フィラリアという虫は、感染し始めて約１年をかけて心臓に到達し、成虫になります。
フィラリアの検査で、現在できるものは、この成虫になってからでないと分からないものであるはずなので
２ヶ月の子犬でフィラリア陽性を断言できることはないと思われます。
また、この虫が便と排泄されることはありません。

そして便に混ざって出てきた虫は、消化管内寄生虫で、たぶん回虫と呼ばれるものです。

もう一度、主治医にお話をうかがってみてください。
たぶん、この２つの虫について混同してしまっているのではないでしょうか。

また、責任云々についてですが回虫については・・・子犬でよく見かけられる虫ということもありますが
これについてブリーダーサイドが手渡される時にどうおっしゃっていたかにもよると思いますね。
で、間違いなくフィラリアに感染しているということであれば、これもきちんとした診断書などの書類をそろえた上で交渉されるといいでしょう。

人に感染するかどうかについてですが
回虫は人に感染することがあります。特にお子さんは問題となりますので、犬を触ったら手洗いを奨励しておいてください。
この虫は、よく公園の砂場にも存在したりします。

フィラリアについては、極まれに、人への感染が報告されます。
ただ、これは、フィラリアが成虫となってから可能性が出てくるということなのでひとまず今年は大丈夫でありましょう。

まずは、慌てないで、冷静に、フィラリアのことを勉強してみてください。
このサイトもフィラリアについてまとめたものを掲載しています。トップページから「動物よくある相談」に入り、フィラリア症についてを読んでいただいたら、たぶん安心されますでしょう。