実際に診察をしていない者が、やたらと病院を替えなさいとは言い難いのですが、整腸剤は３週間同じお薬なのでしょうか。
多少薬の種類が変わっているということはないでしょうか。
検便以外に何か検査をしてみてはいないでしょうか。
子猫さんは元気、食欲はありますか。
痩せてはいないでしょうか。

痩せてもいないし、元気も食欲もあるのならば、そう悪い病気のようには思えませんが、それでも３週間は長いですね。
感覚的に、猫の下痢は長引く傾向にあります。薬を色々替えながらようやく治ってみたら１ヶ月くらいたっていたこともありますよ。

まずは、病院を替える判断基準として、やはり、主治医の先生が下痢の治らないことを飼い主さんと一緒に
悩んでくださってる様子があるかということでもいいでしょう。
「治してあげたい」これがあるか否かですよね。
この気持ちさえあれば、獣医師は、何とか治るように薬をかえてみたり違う検査をしてみたりするものです。
医学的見地からではなく、精神論で判断せよとはおかしい気がしますが、結局はそういったことが
獣医師の向上心を育てたり、飼い主さんに親身になってくれ「良い先生」と呼ばれる要因だと思うからです。

参考になさってみてください。