調査対象群の違いがあるのではないでしょうか？

＞雌犬の乳腺腫瘍の発症率は１０００頭に２頭、うち１頭が悪性というデータを見ました。

こちらが１つ目ですね。これは単純に犬の乳腺腫瘍は、５０％が悪性である。調査対象頭数は１０００頭であるという理解ではないでしょうか。たぶん、発生率を分かりやすくするために１０００頭という数字になったのではないでしょうか。

＞もう一つ、雌犬は初回発情前に避妊手術をすると発症率は０．０５％に減り、初回から２回目発情前では８％に、そして２回目発情以降では２６％の発症率になり未避妊の場合と同じ４頭に１頭が悪性乳腺腫瘍に罹る

こちらは、乳腺腫瘍の発生率はエストロジェンの影響を受けるので避妊手術の実施時期で発生率に差が生じる、ただし、ある程度のエストロジェンの暴露を受けたあとであれば、その発生率に差はみられなくなるということだと思います。

このように解釈すると、一般的に言われていることと矛盾しない解釈となります。調査目的というか、「結果」を説明するための数字が、そこだけ抜粋されているのではないかな。
調査対象群と調査目的、そこから得た結論の部分が同一の目的のことを指しているわけではないということだと思います。つまり、執筆者の言いたいことに相違があるということなのだと思います。
もっとも、未避妊であれば、４頭に１頭という数字は、経験上大きすぎると感じますけどね。