現在の時点で獣医師の治療が継続中であるようですので、その先生に相談するのが順序かと思います。
患者を診察しないで文字情報だけで治療にかかわることを指示できるほど私は優秀ではありません。

＞Ｑ１．
Netで「点眼薬　犬猫用パピテイン」を購入いたしました。
「マキシデックス」と「パピテイン」の併用は出来ますか？
《抗コラゲナーゼ剤の頻回投与で角膜の改善例が有るようなので使ってみたいのですが。》

パピティンが効果があるか否かではなく、ネット通販で医薬品を購入して自分で適応するということの是非の方が気にかかります。
そのことは主治医の先生はあずかり知らないことなのでしょう？　そのことを知らなければ治療効果の判断を誤ることもありえますよ。
主治医に伝えて相談する方が望ましい結果につながると考えます。


＞Ｑ２．
治療法、薬の適応等、何かアドバイスが有ればお願いします。

現在の主治医の治療に疑問があるのであれば、まず、それを伝えるべきでしょう。飼い主は弱い立場だからそれはできないと考える方も多いのかもしれませんが、獣医師も「黙ってしたがってくれるだけの飼い主が良い飼い主である」とも考えておりません。
お互いの意見が相容れなければ、病院を変更するのも両者にとってよいことだと思います。
病院に内緒で何か独自のことをやって、結果がよければお互いに自分が正しかった、結果がわるければ相手の責任では、どうにも感心できません。
ネット通販で薬を入手して、どこのだれとも分からない相手（責任を負いようもない相手）からの指示で自己治療しようとするよりは、転院してしっかりと診察して貰った方が
よいと思います。その方が主治医の先生も、まだ納得できるのではないでしょうか。

記載事項からは角膜輪に白濁が生じていると受け取りましたが、強膜や結膜の様子にふれられていません。経過があるようですので、これらに異常があってもなくても深部の検査を私であれば考えます。
漫然とした治療をただ継続していくことがよいとも考えていません。少なくとも進行しているとgeppeiさんは受け取られているわけですよね。
であれば、なおのことキチンとした診察が必要だと思います。今の病院で意思の疎通がはかれないと考えられるのであれば、また振出しに戻ってしまいますが、転院を考えられた方がよいでしょう。