「もう来てから４日になりますが、まだ慣れません」と書いていますが、「まだ、たった4日間」ですよ。慣れるわけありません。いきなり知らない場所に連れてこられて、不安だしさみしいし鳴くのは当然です。
いつも人の姿が見える部屋に犬を置いてください。人が1階にいるときは1階に、寝るときは寝室に。一人で寝かせるのは、家に慣れ、そこにいる人に慣れ、その家の生活時間のリズムに慣れてからです。
「かわいそうだからって鳴いているときにそばに行くとしつけにならないし」と本に書いてありましたか? だとしたらそれは間違いです。そもそも生後2ヶ月の仔犬にしつけうんぬんは関係ないです。少なくとも今から1ヶ月間はたっぷり甘やかしてたくさん愛情を注いで人を好きになること人を信じることを経験させてあげる期間です。鳴いたらすぐ行く、どうしたの? 大丈夫だよと声をかけてあげる、落ち着くまでなぜてあげる、安心して眠るまでそばを離れない、このくらいはしてあげてください。
リビングに連れてくることができないのはフェレットとフクロウがいるからですか? 犬はずっと2階だけで飼うつもりですか? それは無理だと思いますよ。フェレットとフクロウは2階に移す、犬はリビングを定位置にする、犬が一人で眠れる月齢になるまでは人はリビングで犬のそばに寝る、これがいちばんだと思いますが。

犬はフェレットやフクロウとはまったく違う生き物です。特に猟犬種は常に人の近くにいて人のすることにいっしょに参加することが生きている証みたいな生き物です。かたときもそばを離れず、の犬種を選んだのですから、犬種の特性や気質を理解して接してあげてください。

厳しいことを言うようで失礼かもしれませんが・・・。
フェレットとフクロウとアメリカンコッカースパニエルの同居は・・・よく考えましたか?
フクロウにとってフェレットは獲物です。鳥猟犬アメリカンコッカースパニエルにとってフクロウは獲物です。捕食されるものと捕食するものの同居はどちらにも強いストレスになります。捕れないストレス、捕られるかもしれないストレス、かなりのものだと思います。