＞hanakoさんへ

すでに御近所の病院へいかれておりましたか、それは失礼しました。３ヶ月での避妊手術を勧める病院はあまりないと考えておりましたので、推測が及びませんでした。

＞私自身も人間の勝手で体にメスを入れるのには反対だったからです。
ただ、犬について詳しい方からのご意見と、幾つかのサイトを見て、
将来的な病気予防のためには避妊した方が良いのではと感じたからです。

はい、確かに避妊去勢をすることは、人間の身勝手だと思います。でも、そのままに放置しておいて、生まれてきたことが不幸というような生命が増えても困ります。身勝手でも驕りであったとしても、動物を飼う者としての責任は果たさないとならないと考えております。
また、妊娠しなかったとしても、おっしゃられている将来的な病気というのも、歳をとって病気に罹ってからというよりは、その前に手術を済ませておくことの方が負担が少ないと思います。

＞先日、２回目のワクチンを受けた際にも先生にお尋ねしたのですが、
１度目の生理が済んでからが一般的だが、
時期については飼い主さんが決めてくださいと言われました。
正直申しまして釈然としない部分もありました。

これは、その先生がおっしゃられていることでよいと思いますよ。生後３ヶ月ということであれば、人間であれば赤ちゃんか保育園児くらいに相当しますよね。最初の生理（正確には発情出血）と言えども、小学校高学年くらいでしょう。
犬は、一応季節繁殖動物ですから、最初の発情が春か秋の繁殖期から外れていれば、そうそう急ぐ必要はありませんし、ちょうどぶつかってしまうようであれば、念のために急いでということもあるかもしれません。
発情を目安に、飼い主さんが病院に連れてくるのに都合のよい日程で手術しましょうという意味だと思いますよ。大抵の動物病院で、そのくらいの時期を勧めているはずですので、とくにおかしな話ではないと思います。