「凄く高い、凄く低い」というのは、表現が微妙すぎてなんとも言えません（いくつ以上なら「凄く」なのか？）。
はっきりと言えることは、「陰性なら心配なし」、「陽性なら（可能性の大小はともかく）危険性はある（ゼロではない）」ということくらいです。

ただ、厳密にいえば、先住猫だって調べたら陽性が出るかもしれません。
また、先にも書いたとおり、FIPだけが猫の病気ではありませんし、すべての病気を徹底的に調べていったら、それも先住猫と両方調べていったら、相当大変なことになります。
どこまでやるかというのは、獣医師もアドバイスはするけれど、やはり飼い主さんが決めることです。

獣医師というのは、常に最悪の展開を想定して物事を考えます。
そうしないと、いざという時に対処できないからです（「なんとかなるやろ」ではなく、「これがダメだったら次どうするか」、「仮診断より悪い病気だった時どうするか」を常に考えている。だから日々ストレス強いんです）。
なので、「危険性はありますか？」という質問に対しては、可能性が低くても「あります（ゼロではない）」という答えになります。
この辺は、対面でないネットだとなおさらそうなりますので、あとはかかりつけの先生と直で話し合われるのがいいかと思います。