＞ガラス板に組織？をつけて、ドライヤーであてたり、何かの液体を落とした後、顕微鏡で見ておられました。

これは組織をスライドグラスの上にスタンプして採取された細胞を鏡検していたということですね。
田口先生のおっしゃられている「細胞を調べて悪性所見がみられたのでしょうか？」に相当するものでしょうか？　
細胞診断というのは、獣医師であれば誰でもできるということではなく、もう少し専門的な事柄になります。採取した細胞を染色して顕微鏡で見てみても、それが診断できる人とできない人がいます。普通、多くの獣医師は、細胞診断ということになると採取して染色して鏡検までは実施できますが、診断は外部の専門の検査機関に委ねています。
また細胞診断そのものも　不確定要素がつきまといますので、疑わしい検体は無理に診断せずに組織診断まで進めます。

猫の皮膚がめくれてということですから、その部位では当然さまざまな炎症系の細胞も浸潤していると考えられますし、単一の細胞群が採取されているか、その細胞に異型性が確認できたのかが焦点となります。
＃　異型性と悪性所見は、同じようでもやや異なります。

つまり、診察された先生が細胞診断までできる先生であるか否かと採取された検体の中にどのような細胞が見られたのかが、ポイントです。この２点がクリアーされているのなら、その先生の下した診断名に診察していない者があれこれいうのは、主治権の侵害にもなりかねません。
仮にそこに納得できないのであれば、断脚という結果が大きいことですので、より慎重に確認の手順を踏むという事は、別におかしな話ではありません。
いずれせよ、患者である猫を直接診ておりませんし、診察された先生の事をぞんじあげているわけではありませんので、私達には一般論の話しかできません、具体的にどうするこうするは投稿者であるせつかさんに判断していただかないとならないと思います。