妊娠していますと、抗ストレス作用として副腎皮質ホルモンが分泌されて、母体にかかるストレスの軽減をはかります。このホルモンは、同時にというかもっと重要な意味で、母体に対して異物である異種蛋白質の塊である胎児を母親の免疫が攻撃して流産させてしまいわないように働きます。
この副腎皮質ホルモンは、炎症があるときには「抗炎症薬」として処方されることも多く、また、アレルギー疾患の際にも処方されます。もとより母体からも分泌されているホルモンですから、胎盤と臍帯を介して胎児にも作用しています。性質的には留意する点は少ないですね、量的及び持続期間の問題でしょう。投薬上の留意点としては、妊娠中の場合は、一応、薬理作用で得られるものがマイナスとなる点を上回る場合に摘要するようにと記載されています。
抗生物質についても、同じですね。どの種類の抗生物質を想定しているのかは分かりませんが、私が皮膚炎にもちいている抗生物質の注意事項にも妊娠中での摘要については、同じ事が記載されています。抗生物質の場合は、胎児の期間よりも新生児のときの方が私は使用を控えるようにしています。お腹の中にいる場合は、だいたいお母さんが抗生物質を分解しているものです。

おそらく催奇形性を心配してのことではないかと思いますが、妊娠のいつの時期かにもよりますから、選択する薬剤と妊娠のステージとのかね合いだと思います。