＞同じ部屋ですが、うつるといけないのでその子はケージに入れています。空気感染はあるのでしょうか？

「空気感染」とは、どのような意味合いでお使いでしょうか？
コクシジウムは、糞便に排泄されてくるオオシストの処理を問題としています。現状では、このオオシストを一番の感染源と見なしているのではないかと思います。
排泄された糞便からオオシストが室内の空気中を飛散して舞い歩く状態を想定なさっているのでしょうか？　「空気感染」を想定しているのであれば、同じ室内に他の猫がいることはとてもまずいことになります。
主治医の先生は、そういうことではなく下痢便の飛沫を飛び散らさないようにというような言い方をなさったのでありませんか？　飛沫が部屋の空気の中を漂っているということではないはずです。便の始末をキチンとしてくださいの意味だと思いますよ。

＞もう1つ質問お願いします。
後で保護した1匹の子（1か月半くらい）は、口元の仕草？がおかしいと言われました（私は見てても分かりませんでした。）
おかしいから、その後気を付けて見てあげて。病気かもしれないと言われました。


こちらは、そのように言われた先生に尋ねるべきだと思います。
診ていない患者のことは普通わからないものです、分かるとすれば「千里眼」と呼ばれる能力をもった人間になってしまいます。
獣医師であれば、なんでも知っている何もかも把握しているということはありません。回答を得たい質問であれば、やはり患者の状態を承知している主治医に質問なさるのが近道ですし、直接目にしていない者が正しい答えを導き出すのは、かなり至難の業ですので。

なお、コクシジウムは、１回の投薬ではなかなかいなくなってくれず、しつこい方の部類に入ります。根気よく投薬していただく必要があると思います。
子猫が成長して免疫がしっかりしてくると急速に改善されてきますので、それまで頑張ってください。