飼育動物がハリネズミということで、どうもレスがつかないようですので、私から。
ただし、私もハリネズミの診療はしておりませんし、飼育経験もありませんので、本来的には、口出しを控えているべき存在かと思っております、

まず、何はさておき、患者自身を見てさわってというところが肝心かと思います。皮膚の状況と口腔内を精査したいところです。
これは、給餌内容から考えて歯石や口内炎の有無をみたいということになります。また、体型から肝臓近辺の腫れがないかも気にかかります。
ビタミンＥとかＢの欠乏がおきやすい動物種のようですし、なによりも食性が昆虫食やミミズ等が主体のはずです。キャットフードやフェレットフードで飼育されているハリネズミにおいては、栄養障害や脂肪肝を呈している例が多いと報告されているからです。記載内容からではミルワームも給餌されているようなのですが、市販のミルワームであると、栄養的には長期間の給餌では不足するものが出てくると思います。
診察された先生は、やはり肝臓を疑っているのではないかと想像されるのですが、肝臓以外にも栄養系代謝系も併せて疑う事も必要かもしれません。
また、ケースによっては、冬眠もありえるでしょうし、ひじょうにショックに弱い動物でもあるようですので、そのような他の要因も考える必要もあります。

私的に考えることは、その個体の由来です。先に述べましたようにハリネズミは昆虫食です。そのために消化管内の寄生虫が他の一般のペットとされる動物よりも多いのではないでしょうか？　野生由来個体であれば、かなりの確率で寄生虫をもっているでしょうし、繁殖個体であっても、初代の野生個体から受け継いでしまっている事はケースとしては多いのではないかと考えています。
まあ、私としても言っている事にどこまで信用性があるのかという気もします。なんにしても患者を実際に目にして見ないと何もはじまらないように思います。お声がけ程度のことと受け取っていただけたらと思います。