ただの犬飼いですが、実際に診察をされている先生が原因がわからないとありますので、掲示板上の書き込みから、獣医さんのお返事が付きにくいと思います。

お薬を飲ませていたと言うことは、抗生物質ではないかと思いますが、菌に耐性があるかどうかの検査はされましたか？

あと、尿路系の検査は行われていらっしゃるようですが、内臓の疾患のことや血液検査のことに触れられておりませんが、わんちゃんには貧血はないのでしょうか？
例えば、寄生虫感染バベシアやフィラリア感染症や免疫系の疾患、内臓疾患や悪性腫瘍などでも血尿が出る事があります。

わんちゃんのストレスを考えて、このまま対処療法を続けていくか。
掛かり付けの病院では原因が分からないのであれば、原因を探るべく、血尿が出ていることで貧血などで全身状態が酷くならないうちに、大学病院などでセカンドオピニオンを取る。
病院に関しては、実際に診察が出来る病院を主治医の先生からご紹介して頂く事が望ましいです。
原因がわかれば、現在の掛かり付けの病院で治療管理をしていくことも出来ます。
大きな病院では、保定をする人手はありますし、診察は予約になることも多いです。
このままにしておけないなら、どんなに犬が泣いても飼い主が心を鬼に連れて行くことも必要ではありませんか？

原因が早く判るとよいですね。