獣医師ではありませんがご参考まで。

どういう状況下(室内室外、イヌの寝場所はどこか、サークルは使用しているか、イヌの年齢は)なのかが不明なのでおおざっぱになりますが、私だったら抱いて寝ます。布団に入れたくない、布団にいれると粗相するというなら、ヒトがイヌと一緒に床で、洗いやすい毛布を被って寝ます。新しい家に慣れれば(そして成長すれば)、自然に、ひとりで寝ることができるようになるのが普通ですので、「抱き癖」に心配はあまりいりません。イヌは、ヒトと同じベッドで寝るのは好きですが、べったりくっつくのではなく、おしりがちょっと触るぐらいが好きで、また、もっていきかたによってては、寝室の隅の自分のベッドで寝るのでも我慢するようになります。
ワケもわからずに知らない家に連れて来られ、知らないヒトに囲まれていれば不安になるのは当然で、夜鳴きするのも当たり前でしょう。今はしつけのこと等憂慮されず、愛情を注ぎ、信頼関係の醸成に努められてはいかがでしょうか。しっかりした信頼関係があれば、「後で」は、多少厳しくしつけることが可能になります。逆に言うと、最初から突き放すのはお勧めできません。夜鳴きするなら放っておかずに抱いて寝てやる、粗相しても叱らずに、健康に排泄できていることを褒めてやる、といったような、「愛情の洪水」が、すくなくとも飼育当初には大切だと思います。