＞尾や耳の切断面は生後間もない犬と変わり無くカットラインが判らなくなるものなのでしょうか？
＞断った尾と耳の断面が自然な形になるのでしょうか？

切った耳の端同士がキレイに付くのか？という質問であるならば、術後の汚染、自虐による損傷が起きなければ、キレイに癒合するハズです。
生後間もない子イヌと違い、傷の面積も活動量もまるで違いますので、注意が必要ですね。
基本的には、獣医師の技量による所が大きくなります。

確認しておきたいのは、飼い主の方の「こだわり」です。
断尾や断耳について書かれた本を調べても、その位置は大まかに「根本から・・」とか、「先端が成長した時に頭と同じ高さに来るように・・・」などといった具合に、受け取りようによってはどのようにも受け取れる書き方がされています。
たとえば断尾です。
ご存知かもしれませんが・・特に子イヌの場合、生後まもなく行われるのであれば輪ゴムによる締結や自宅ではさみや爪切りを使っただけの断尾もよく行われます。
この場合しっぽは腐って落ちるに任されますし、切断面におおざっぱに消毒薬を付けるだけ、という事になります。
断端はあまりキレイにはなりませんし、成長後も目立ちます。
残酷な印象もありますから、動物病院に持ち込まれる飼い主さんも多いはずです。この際にも上記のような家庭でも出来る方法で断尾処置を行っても良いのでしょうが、獣医師にしかできない方法として切断後、断端を処理して縫合する方法で断尾を行います。
この時、そのときの流行やブリーダーの方の考えによって、例えば「垂直方向に輪切りにしないで４５度の角度で・・」というような「切り方、縫い方」などを指定される場合があります。
特に断耳の場合、ごまかしがききません。
スタンダードにかなっているのは当然として、オーナーやブリーダーの方の好みによって厳しい注文が付く事があります。
オーナーまたはブリーダーの方の頭の中に仕上がり（成長後）の「カタチ」があるのであれば、その形と違うだけで「失敗」という事になります。
断尾や断耳はその子イヌたちの商品価値に関わってきますし、場合によっては飼い主の方の名誉の問題にもなります。
断耳をおこなう犬種には、そういう、名誉を重んじる方達が好んで飼う犬種もありますので。
プロキオン先生のレスにあるような「片耳３０万円」というのも、あながち冗談ではありません。
その仕上がりに納得していなければ、プロの人たちは絶対にその辺にある動物病院を適当に利用したりしない仕事が断耳です。
＞生後間もない犬と変わり無く
＞自然な形
という表現がありました。
もしも、ミルミルさんの頭の中に思い描いた出来上がりの「カタチ」があるのでしたら、ちゃんとそのカタチに出来るのかどうか、実際に耳を切る先生とよくご相談下さい。
具体的なカタチがあれば難しいのか簡単なのか、答えやすいハズです。
切ってしまった後で「イメージと違う」では済まない話であると思いますので。
ミルミルさんの要求している断耳とはどの程度の事なのでしょうか？
ただ「それらしく」切ればいいのであれば、あまり難しい話にはなりません。傷口がキレイに治って欲しいだけなら、どの獣医師も誠意を持って自信を持って対応できると思います。
ちなみに、現在の年齢では、普通に処置したら耳は立たない事が多くなります。

＞犬歯の先を少し削りたい
＞左右の長さが違うので揃える為に削りたい

こちらに正しく何か回答するためには「診察」が必要です。
病的でない、歯列矯正の必要もない正常な犬歯であれば、長さの不釣り合いは殆どないと思うのですが・・・？
もしも、「それとわかる」ある程度以上長さが違うのであれば、無理に長さを合わせたら歯髄に穴が開く事態も考えます。
１１ヶ月程度の若い歯であれば、意外にエナメル質や象牙質などの「堅い部分」が薄い事がありますので、その点、考慮に入れて置いた方が無難に思います。
これも飼い主さんの「こだわり」がどの程度強いのか、よくわかりません。
＞少しというのが１ミリもないのか、１センチくらい違うのか・・・？という事です。
歯を短くしたいだけなら工具があれば自宅で出来ますし、専用の器具を用いてなら動物病院でも可能です。
トラブルをトラブルにしないためには歯科に詳しい動物病院にかかる事が必要です。

＞後ろ足の親指も取りたいんですけど、取ったら歩きや走りに問題ありますか？
＞狼爪を取って歩きや走りに影響が出るでしょうか？

これも診察が必要です。
ゴミのようにわずかにぶら下がっているだけの狼爪であれば切除で問題ないでしょう。
骨格がしっかりと成長して、文字通り「親指」となっているのであれば、手術直後から異常が観られる場合もあり得ます。
殆どは抜糸をしてしまえば外観も、そのころには歩様にも問題はないはずですが、「痛がる」歩き方が癖になって残る、冬季などに古傷が時々痛んで歩様に異常が出る・・・事がないとは言い切れません。
処置の仕方でも結果が大分変わってくるでしょう。
普通に生活する分には問題にならない事が多いと思います。
出陳を考えているのなら、歩き方に異常が見つかるかもしれません。