まず、ヒトが介入できる範囲は限られる、という、達観とというか諦めというかが必要です。悲観論に立てばちょっとの成功に喜べますしね。

　チワワ雌の（ウチではふつうに読めましたが、機種依存文字はお控えあれ）吠え癖については処置なしです。不安があり、不安から防衛的になるのは止めようがありません。「怖いと思っちゃう」のは仕方ないのです。

　チワワ雄の排泄、チワワ雌とシーズーのいがみ合いは、シーズーがチワワたちから見てちゃんとした「群れメンバー」になっていないことが原因があると考えられます。シーズーがより大きく年長、けれど新入り、ですからね・・・
　シーズーがケンカを売るのも、チワワ雌が嫌いだからといったことではなく、群れ内でポジションが定まらず不安なのだからでしょうし、「夕方や夜」も時刻というよりは家庭内でその時間帯に生じる何かが原因でしょう。
　要するに、トイレのにおいがどうとか、シーズーが凶暴か否かとは無関係と思われます。群れの構成でしょう。
　「群れの力学」というアプローチをなさってはいかがでしょうか。
　今のまま「躾る」「教える」ではおそらくどうにもなりません。