まず、去勢手術は済んでいるでしょうか。
マーキング行動は、オスのホルモンが、より縄張り意識を持たせます。まだであれば済ませておく方がいいでしょう。
しかし、しっかり条件反射となっていますので、ゼロにはなりません、数が少なくなるだけと思って下さい。
さて次に止めさせ方ですが
１、マーキングしてもいい場所を２−３箇所設けてあげる
２、それ以外の場所は、足場を悪くする工夫（雑誌をわざと平積みして、犬が乗ったら崩れるようにするあるいは
　　しそうな場所の床に両面テープを張り、足の裏が気持ち悪い感触でそこにちかよらせないようにするなど）
３、マーキングする前に必ず臭いを嗅ぎます。臭いをかいでる時に「いけない」のサインをおくる（天罰方式の罰をあたえてもいいです）
　＊注）臭いを嗅いだ後に足を上げかけたときは遅いです。止まりません。
４、散歩など思いっきりマーキングができるような場所に、毎日でかけるようにします。
　つまり、ストレス発散ですね。
５、誰銭ンさんがこの家のリーダーであることをはっきりチワワ君にわからせましょう。
　スワレやマテ、コイのコマンドはしっかりはいっていますか？リーダーウォークはできますか？
　一度しつけ教室などに行ってみるのもいいかもしれません。

家の中専用にマーキングができるようなトイレが通販雑誌などに良く見かけられます。
そういったものを利用するのもいいでしょう。

誰銭ンさんにもう一つ、余計なお世話を・・・
マーキングの癖は、し始めにしっかりしていい所悪い所を教えておけばそんなに困るものではありません。
室内飼いの全てのオスが去勢手術をしている訳ではないですからね。どうしてなのかというと
やはり家の中全てしてはいけないと教えるのであれば、してもいい場所に誘導する（つまり外）というメリハリなのです。
オスの本能がさせてしまうのですから、本能があるうちは、マーキングをすることを許してあげるのも大切ですね。