イアンダンバー博士の「子イヌを飼ったあとに」という本の中によい方法が載っていますので、抜粋します。
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家を留守にする時は、子イヌ用の遊び場所に適したといれを入れて、子イヌをそこに入れておきましょう。
一方、あなたが家にいるときは次のようにします。
１、子イヌの居場所をクレートだけにするか、子イヌにリードをつけて犬用ベッドの近くにつないでおきます。
２、子イヌを１時間ごとに開放してやり、急いで走ってトイレに連れて行きます（必要があればリードをつけて）。
そして、子イヌに排泄するよううながし、３分ほど待ちます。
３、イヌが排泄したらいっぱいほめてあげて、フリーズドライ・レバーを３つ与えて、室内か庭で子イヌと遊んだりトイレトレーニングをしたりします。
子イヌが３ヶ月以上になれば、トイレで排泄したごほうびに散歩に連れて行ってやりましょう。

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犬は、本能的に自分の寝床や、食事場所を排泄では汚したくないものです。そこを利用して
ベッドの近くや、クレートやケージなど犬がようやく横になれる程度の大きさの入れ物に入れることで
排泄を我慢することを強要するのです。
そして排泄してもよい状況を作りトイレに誘導すればよいのです。
子犬を、クレートやケージを利用しないで全くの放し飼いの状況でトイレのしつけをいれるのは
かなり高度な技術が必要ですよ。
ケージ内で１００％トイレができるようにならなければ、室内で自由にしてトイレに誘導するするのも
難しいでしょう。初めて犬を飼うならなおさらです。