>コクシジウムにしてもクラミジアにしても感染するものですよね。
>体力が落ちて 免疫が落ちてかかる風邪とは違いますよね。。。

同じです。
人間でもすべての人がインフルエンザを発病するわけではないでしょ？
体力のある人は発病しないかも知れない。
もし、子猫時代の環境が劣悪で、栄養状態も十分でなく母猫のワクチン管理などもしっかり行われていなかったとすると、子猫の基礎免疫が十分に発達していない可能性もあります。また、仮に折れ俺耳同士の交配だとしたら、遺伝的に問題のある形質の可能性もあります。

例えば、猫風邪が流行っているキャッテリーの中で症状が出ている子は１−２匹。で、もし、そのキャッテリーから症状の出ていない元気な子を新しい環境に移したとします。そうすると、その子は猫風邪の症状を見せる場合があるのです。
これは、その環境の中では免疫で何とか保っていたバランスが、新しい環境に移ったという猫自身のストレスで発病してしまう、ということなのです。
それを少しでも軽減するためにもワクチンコントロールが欠かせません。

特に原虫などは自身の体力低下、免疫のバランスが崩れると発症しやすくなるものです。クラミジア症も同じ事が言えます。
過去に何度検便しても一度も原虫が発見されたことがないキャッテリーの猫でも、出産や引っ越しなどのストレスで原虫が発見されることがあります。猫風邪は発症しなくても、同じ部屋の中に（空気・飛沫感染しますので）症状が現れた猫がいれば感染している可能性が高いです。でも、キャリアになるだけで、症状が出るとは限りません。キャリアになってしまって、上記のようなストレスがかかる状態になると、そのときに発病してしまうのです。