獣医師ではないので参考程度に聞いてくださいね。
見たところアビシニアンのようですね。ブリーダーさんかショップから迎え入れたのですか？
迎え入れる前にご対面等はされなかったのでしょうか？
もしブリーダーさんの家からであれば、その時点でのブリーダーさんの家での飼い方も注意して確認されておけば良かったですね(^_^;)

FVRに関しては、獣医さんにきちんと診ていただいて、保温と栄養価の面での注意を行っていればそれほどひどくなることはないと思います。インターフェロンの注射や点眼液はいただいてますか？かなり効果が高いと思います。

見たところまだワクチンも済ませていないような月齢に思えますが…？
お調べになったようにFVRは神経組織に潜んでいて、一度罹患した猫にストレスなどがかかると発病してしまうキャリア状態になってしまうことで知られています。
ワクチンを打ってそのウイルスに対する抗体を作るのですが、そのワクチンに完全に押さえる効果があるか？というと、それも少し難しいです。人間の風邪のウイルスと同じで、少しずつウイルスの型が違うためそのときに接種したワクチンが完全にそのウイルスに対して効果があるかわからないところがあります。それでも接種している猫は全く接種されていない猫よりも軽くすませることができるので、効果的なワクチネーションは非常に大切です。

でも治ってしまえば、先に書いたように余分なストレスをかけないよう注意し、通常に飼っていらっしゃれば問題があるとは思えません。
先住の猫ちゃん達は毎年のワクチン接種を行われていますか？
行われているのであれば、子猫の方の風邪が治れば一緒にしてもそれほど心配はないと思いますよ。
またFVRは飛沫感染しますので、部屋を完全に分けても人間が媒体としてすでに先住猫ちゃんにも感染しているかも知れません。だから里子に出してしまわなければ…などと神経質にならなくても良いと思います。
耳ダニの方は一緒にしたら簡単にうつってしまうので、完璧に治るまで隔離をお奨めしますが。また耳ダニには、ノミ・ダニ駆除剤として獣医さんが処方してくださる薬が非常に効果があると伺っています。

子猫にとっては新しい環境に移ってきたこと自体が大きなストレス、先住猫ちゃんにとってもご対面は大きなストレスになると思うので、なるべく時間をかけて無理のないように計画されてください。

もし今度新しい猫ちゃんを迎え入れるときは、元の環境でワクチン接種などを完全に行われているか確認されてからの方が無難だと思います。