卵を産む動物というのは、たくさんの卵を産んで、それが孵化して育雛してという段階がありますよね。魚やウミガメなんかだと、それこそ産みっぱなしで育児がありません。
そもそもが卵が無事に孵化するまでの間にも危険がともなうわけですよね。このような動物は卵そのものよりも、卵を産む親の方が生き残ることに繁殖のポイントをおいていることになります。
これに反して、母親のおなかの中で赤ちゃんを育てるタイプの動物は、母親ごと赤ちゃんも危険から逃げることができるという戦略を採用していることになります。
ということですので、通常の活動の範囲でのことであれば、赤ちゃんには差し障りはないはずです。むろん、母猫にしても妊娠末期ともなれば、動きまわるのも難儀ですし、落ち着いて静かに過ごしたいことにかわりありません。
にもかかわらず、赤ちゃんに影響がありそうな動きをしているのであれば、事態や環境の方に　それだけ切迫した事象があるということになってしまいます。

ですが、お話の様子からでは、その環境から出て行ったということでもないようですから、おそらく、その母猫にとっては、許容範囲のものということになると思いますよ。