自然感染ですから、いまからクラミジアのワクチンを接種してもちょっとまにあいませんね。おそらく結膜炎だけで終わると思いますので、とくに接種しなくてはならないとは思いませんが、それでも気になるとか、全身症状が不安と言う場合であれば、今回のことが落ち着いてから検討すればよいですよ。

眼軟膏をつける回数というのは、目安がありますが、つける量というのはきまっていません。まあ、本当は必要な量と言うのはあるのですが、とりあえずは、角膜や結膜の表面にいきわたるだけの量があればよいです。量が足りないようであれば、つける回数を増やして対応します。
眼軟膏のつけ方ですが、コツはないです。慣れてもらうしかないです、人間も猫も。
強いて言えば、あまり意識しすぎて身構えないことですね。２人いると楽には楽なくなのですが、猫が怖気づいてしまう事もあります。
猫をテーブル等の上にのせて距離を近くして、話しかけながら、警戒されないようにやるとよいですよ。点眼薬よりも目に染みないので、猫自身には嫌がられない事がおおいです。たぶん、つけるぞという気持ちが強すぎて猫が不安をかんじてしまっているのではないでしょうか？
私は、動物に話しかける妙な先生なのですが、声の調子にこちらの気持ちがでますから、言われている言葉は理解できなくても、怒っていたり、危害を加えようとしているのでないことは伝わると思っています。「眼軟膏は染みないよ、痛くないよ、すぐによくなるから」と話しかけています。
この先生はなんなんだ？と思っているうちにつけてしまえば、ああ、こんなものかという顔をしていますね。