目の充血とのことですが、結膜炎でしょうか？
だとしたら、我が家のＭｏｋｏが体験者です。
Ｍｏｋｏの場合は、パスツレラ菌によるもので、それ以前に、
スナッフル症状を発症し、抗生物質による闘病を続けていました。

結膜炎の際は、クロラムフェニコールの点眼液（抗生物質です）と、
非ステロイド剤の点眼薬を使用していました。
http://ha2.seikyou.ne.jp/home/gong/ill/toubyou.html
が参考になりますでしょうか？

ただ、目の充血や目やにといっても、パスツレラ菌のような感染症の場合
だけではく、チップのアレルギーや、奥歯の不正咬合など、
いろんな原因が考えられます。

奥歯を一度チェックしていただいてくださいね。
歯については、３方向からのレントゲンが必要だそうです。
「うさぎの歯の構造と、食べ物について。」
http://www.linkclub.or.jp/~rabbit/ha/index.html
が詳しくて分かり易いかと思います。

あと、点眼薬は何を処方していただいてるんでしょう？
それも合わせて確認なさって下さいね。
抗生物質を処方された場合は、うさぎにも安全な抗生物質か、
チェックするのも必要です。
http://www.nurs.or.jp/~usagi/
の「生活・しつけ・病気」のコーナーの病気ページにいくと、
抗生物質のページがありますよ。

早期発見と早期治療が、早期完治につながります。
うさぎなどの小動物の場合、症状が出た時点でかなり症状がすすんでいる
場合がありますから、なるべく早くうさぎに詳しい獣医さんに診てもらってくださいね。
早く完治できるといいですね。