うちゃこさん　ご心配ですね。
同じような経験の方がいらっしゃると一番良いのですが･･･

きっと先生方は「スナッフルが治れば鼻のかゆみも止まり、掻く事も
なくなり皮膚も治る」と考えられているのだと思います。今のところは
くしゃみや鼻水がおさまっても、何とはなしにムズムズするのを気に
して掻いてしまうのだろうと。
また細菌感染していても、抗生物質を処方しているので徐々におさま
るはず、と。
ウサギを良く診る獣医さんの見立てなら、まずは問題ないかと思いま
すが、飼い主として
「スナッフルの症状は軽減されているが、鼻を掻くのはひどくなって
　皮膚の症状も広がっているので、痒いのではないかと思う。かゆみ
　を止めて上げることは出来ないか。あるいは皮膚を保護する為にも、
　塗り薬等はないか？」
と治療の希望を相談しても良いと思います。
毎日見ている飼い主の観察は確かです。獣医学的には着眼点とされて
いないことでも、何らかのサインである可能性はありますから。
その昔「医者は大丈夫と思っても、毎日その子と暮らしているお母さん
がいつもと違うと感じるなら、何らかの問題があるものです」と言った
国立病院のベテラン医師（人間の）の言葉を、私は忘れないようにして
います。
今の状態を物言うことの出来ないウサギさんのためにも、良く観察して
代わりに獣医さんとお話してみてくださいね。