ウサギさんは何歳ですか？年齢によっても考え方が違います。
ウンチをして困るのは、部屋の中ですか？ゲージの中ですか？
ウンチをする場所は大体決まっていますか？
それとも動くにつれ、あちこちに落としていきますか？

ウサギさんには個性があります。
ですから早くにトイレを覚えて、以来失敗なく出きる子もいます。
また半年くらいでトイレを覚えてちゃんと出来ていたのが、１０ヶ月〜１歳過ぎて
一時期出来なくなることもあります。
他に、１歳過ぎてもなかなか覚えない子もいます。
でも根気良く付き合えば、時間はかかってもウサギさんはトイレを覚えます。

おしっこはトイレでするなら、ちゃんとできるようになりますよ。
通常はおしっこをした後に神妙な顔をしてウンチをぽろぽろするのですが、
我が家も見ていると「プライベートな場所」ではウンチをこぼしています。
ゲージの中などですと、ウンチをトイレ以外にしてしまうのは仕方ないのかも
しれません。ゲージ全体が自分の場所なのだと思います。
お部屋で遊んでいる時にこぼしてしまうなら、場所が決まっているか見て
ください。もし決まっているなら、そこにトイレを置くのも一つ。
そしてそのトイレで出来た時は盛大にほめる。
トイレでする習慣が付いたら、トイレの移動を考える。という手もあります。
もし１歳未満のウサギさんなら、まだまだ保育園、幼稚園だと思って
気長に見守ってあげてください。お漏らしをする子も、小学生にもなると
ちゃんとトイレに行けるようになるのと同じに、ウサギさんもその子の時期
というものがありますよ。

一番大切なのは、しからないこと。ウンチをしそうになったらトイレに
連れて行く。そこで１粒でもでたら、盛大にほめる。
（ちょっとしたコツ。我が家ではトイレに置いて出そうになったら、
　鼻先をちょっと指先で抑えていました。そうするとちょっとの間じっと
　しているんですね。で、ポロポロウンチをする。そうなったら
　めちゃくちゃイイコイイコと褒めちぎっていました）
こぼしたウンチはなるべく早く片付ける。これは犬猫の躾と同じですね。
ウサギのトイレの躾というのは、トイレを覚えてもらうのではなく、
ため糞をするというウサギの習性を利用するんだという視点が必要かも
しれませんね。