>昼間熟睡するとだんだん息がしづらくなって･･･
体重２．５Ｋｇでしたね。読み返してちょっと気になりました。
ウサギさんはお腹や首周りに脂肪がつきやすいようです。
首周りに脂肪が付くと、姿勢によって呼吸が妨げられることがあります。
肥満のパグさんなどが、ゼーゼーヒューヒュー呼吸が荒くなるのと同じです。
一度獣医さんに、「この子なら体重はどれくらいが適正ですか？」と
聞いてみると良いかもしれません。

で、牧草についてですが、メーカーを変えても意味がないと気づきました（＾＾；；
ペレットならともかく、どこのメーカーが作ってもチモシーはチモシーです。
誰が栽培しても、品種を変えても、バラはバラと言うのと同じです。
ですから変えるなら、種類を変える。チモシーじゃないものにする。
ただし、イネ科ということには変わりありませんから、あまりアレルギーの
特定には役に立たないかもしれません。
それでも「チモシー」という種類だけに限っての事なら、多少違うかも
しれませんね。
一番は、牧草を辞めてペレットと野菜にでもする方が、確実に分かるでしょう。
それか、アレルギーテストが出来ないか、相談するか。
どれくらいの期間で分かるかは、ケースバイケースでなんとも分かりません。
ただ、ハムスターの針葉樹チップ（床材）アレルギーの場合は、使わなくなって
１週間もするとアレルギーが治まってくるので分かりますが。

いずれにしても、色々な可能性を獣医さんと相談しながらの方が
安全そうですね。